Neiti Peregrinen koti eriskummallisille lapsille käsittelee monenlaisia teemoja, esimerkiksi yksinäisyyttä, erilaisuutta ja ihmisyyttä. Ajallisesti elokuva liikkuu sekä nykypäivässä että 1940-luvulla, ja elokuvassa viitataan useita kertoja sekä suorasti että epäsuorasti natsien hirmutekoihin toisen maailmansodan aikana. Näitä myös rinnastetaan elokuvan tapahtumiin, mikä tarjoaa hedelmällisen lähtökohdan pohdintaan ihmisyydestä ja hirviömäisyydestä.

Elokuvassa suhtaudutaan erilaisuuteen hyvin luontevasti. Neiti Peregrinen luona asuvilla lapsilla on monenlaisia ihmeellisiä voimia, joihin kuitenkin suhtaudutaan arkisesti ja positiivisesti. Elokuvasta puuttuu kokonaan tällaisille tarinoille tyypillinen erilaisuuden pelkääminen ja kauhistelu, vaikka erikoiset voimat alkuun aiheuttavatkin päähenkilö Jakessa ihmetystä.

Vaikka kyseessä on fantastinen seikkailuelokuva, tarinassa on välillä hyvinkin synkkä pohjavire. Elokuvan hirviöt ovat pelottavia pitkine raajoineen, lonkeroineen ja puuttuvine silmineen, ja elokuvassa on välillä hyvinkin makaabereja kohtauksia. Nuorille suunnattu elokuva on sävyltään ja kuvastoltaan enemmänkin aikuisten kuin lasten satu. Neiti Peregrinen koti eriskummallisille lapsille perustuu Ransom Riggsin samannimiseen kirjaan, joka on suomennettu vuonna 2012.

• Elokuvassa hirviöt ovat konkreettisesti näkymättömiä – löytyykö omasta arjestamme vastaavaa? Kuka tai mikä taho voisi vastata elokuvan Jakea, joka kykenee näkemään hirviöt?
• Elokuvassa viitataan monella tapaa natsien 1940-luvulla tekemiin joukkomurhiin. Mitä yhtäläisyyksiä elokuvan tarinan ja historiallisten tapahtumien välillä on?
• Moni ihminen haaveilee ikuisesta lapsuudesta. Neiti Peregrinen luona asuvat lapset olivat käytännössä kuolemattomia. Jotkut heistä kuitenkin kadehtivat Jakea, koska tämä sai vanhentua. Miksi?